Geboren wurde Michael Menke-Peitzmeyer 1964 in Anröchte (Kreis Soest). Nach dem Abitur 1984 in Erwitte begann er im selben Jahr sein Theologie-Studium an der Theologischen Fakultät Paderborn. Nach zwei Jahren führte er das Studium an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom fort und lebte als Seminarist im dortigen Collegium Germanicum et Hungaricum. 1990 empfing Michael Menke-Peitzmeyer in Rom das Sakrament der Priesterweihe.
Von 1991 bis 1994 arbeitete Menke-Peitzmeyer als Vikar in St. Johannes Baptist in Beverungen. Für sein Promotionsstudium im Fach Dogmatik in Münster wurde Menke-Peitzmeyer von 1994 bis 1999 freigestellt. In diesem Zeitraum engagierte er sich als seelsorgliche Aushilfe in der Gemeinde St. Johannes Baptist in Rheda-Wiedenbrück und später als Subsidiar in St. Konrad in Gütersloh-Spexard.
Im Jahr 2000 erfolgte in Münster die Promotion im Fach Dogmatik mit einer Arbeit über die Offenbarungstheologie von Karl Barth. Bis 2003 war Dr. Michael Menke-Peitzmeyer als Pastor und Pfarradministrator in den Gemeinden St. Marien in Paderborn-Neuenbeken und St. Alexius in Paderborn-Benhausen tätig, außerdem als Dozent für den Theologischen Grundkurs an der Theologischen Fakultät Paderborn.
Der damalige Erzbischof Hans-Josef Becker berief ihn zu Beginn seiner Amtszeit als Paderborner Erzbischof 2003 zu seinem Persönlichen Referenten und Geheimsekretär. Im gleichen Jahr wurde Dr. Menke-Peitzmeyer Domvikar und zudem Subsidiar in der St. Hedwigs-Gemeinde in Paderborn.
Regens seit 2013
Papst Benedikt XVI. ernannte Michael Menke-Peitzmeyer 2005 zum Päpstlichen Ehrenkaplan (Monsignore). 2011 wurde Msgr. Dr. Menke-Peitzmeyer Bischöflicher Beauftragter für die Priesterfortbildung im Erzbistum Paderborn. 2013 übernahm der Geistliche die Leitung des Erzbischöflichen Priesterseminars Paderborn und des Erzbischöflichen Theologenkonviktes Collegium Leoninum. Im Oktober 2013 erfolgte die Ernennung zum Wirklichen Geistlichen Rat. Als Domkapitular wurde er 2014 Mitglied des Paderborner Metropolitankapitels. Außerdem war er weiterhin zuständig für die Fortbildung der Vikare bis zu deren Zweiten Dienstprüfung.